In einem Becken mit niederen Tieren kann man die meisten Fischkrankheiten leider nicht behandeln. Wichtig ist daher ein ausreichend großer UV-Entkeimer, bei dem die Lampe mindestens einmal jährlich getauscht werden muss.
Auch die Fütterung mit Vitaminen und Knoblauch kann das Immunsystem der Fische stärken.
Die gängigste Krankheiten im Aquarium äußert sich durch weiße kleine Pünktchen am Körper und in den Flossen der Fische (Cryptocarion). Cryptocarion ist immer im Aquarium vorhanden. Durch Stress und Vitaminmangel kann sie ausbrechen und explosionsartig vermehren. Im reinen Fischbecken helfen Medikamente, im Korallenbecken nur der UV-Filter.
Pilzerkrankungen können durch ein Bad des betroffenen Fisches gut behandelt werden. Der UV-Filter verhindert die Ausbreitung der Pilzsporen.
Auch Wurmbefall und Hautbeläge lassen sich am besten durch Futterzusätze und UV behandeln.

Temperatur überprüfen:
Temperaturen über 28 °C oder unter 22 °C können ein Korallensterben auslösen.
Wasserwerte überprüfen:
zu hohe Nitrat- und Phosphatwerte sind besonders für Steinkorallen sehr schlecht.
Koralle auf Parasiten absuchen:
manche Krabben (meist mit blauen Augen) oder Schnecken fressen Korallen. Auch Planarien und Strudelwürmer schädigen die Korallen.
Korallen „trennen“:
wenn Korallen wachsen, kann es sein, dass eine benachbarte Koralle in der Nacht mit Kampftentakeln angreift und so das Gewebe der schwächeren Koralle verletzt.
Korallen brechen:
werden Steinkorallen von unten her weiß, die noch gesunden Spitzen sofort (im guten Gewebe) abbrechen und neu aufkleben.
Licht überprüfen:
leuchtet es zu kurz, zu lang oder sind die Leuchtmittel schon älter als ein Jahr?
Duftstoffe entfernen:
Duftkerzen und Räucherstäbchen sind ganz schlecht für die Biologie im Aquarium. Filterkohle und Ammonium Minus einsetzen

Bei unerwünschtem Algenwachstum bitte immer eine Probe der Algen zum Mikroskopieren und eine Wasserprobe mitbringen.
Wichtig ist es vor allem, die Art der Alge zu erkennen, um die richtige Behandlungsmethode herauszufinden. Zu hohe Nitrat-, Phosphat- und Silikat-Werte können sehr oft zu einem teils massiven Algenwachstum führen, aber auch Duftstoffe sind keineswegs zu unterschätzen.
Bei grünen Algen hilft meist das Einsetzen von algenfressenden Fischen, Schnecken und Krabben.
Bei Schmieralgen muss zuerst unter dem Mikroskop herausgefunden werden, um welche Art von Alge es sich handelt, meist Cyano-Bakterien oder Dino-Flagellaten.
Kugelalgen immer sofort aus dem Aquarium entfernen. Die Blasen dabei nicht beschädigen! Sie setzen sich zwischen die Korallen und können zu einem großen Problem werden.
Kieselalgen verursachen raue, rötlich-braune Beläge im Aquarium. Silikat messen, Kieselsäure-Absorber zur Osmoseanlage hängen.

Manchmal kann ein Fisch einfach so sterben und wird von den Tieren im Aquarium aufgefressen. Verschwinden aber immer wieder Fische und Garnelen spurlos, kann es sein, dass sich mit lebenden Steinen ein Fressfeind ins Aquarium geschmuggelt hat. Kleine Krabben oder Würmer im Lebendgestein können oft beachtliche Größen erreichen. Auch Knall- oder Fangschreckenkrebse kann man sich so einschleppen. Da hilft es nur, sich nachts auf die Lauer zu legen oder zu versuchen, die Plagegeister mittels einer Krabbenfalle zu fangen.

Borstenwürmer sind eigentlich gut für das Aquarium, da sie Futterreste fressen und so Faulstellen vorbeugen. Es gibt aber Borstenwurmarten, die sehr groß (bis zu 2 Meter lang) und dann auch zum Räuber werden können. Es gibt Borstenwurmfallen und auch Lippfische und Garnelen, die Borstenwürmer fressen.

Eine einzelne Glasrose ist eigentlich ganz schön, nur leider bleibt es nicht bei einer. Glasrosen können sich explosionsartig vermehren und vernesseln dann die Korallen. Glasrosen niemals zerschneiden oder beschädigen, dann teilen sie sich. Es gibt Glasrosenmittel, die man den Tieren in die Mundöffnung spritzt, aber auch Fische (Pinzett-Fisch, Feilenfisch) und Garnelen (Wurdemanni), die Glasrosen fressen. Leider können sich diese Tiere unter Umständen auch an einzelnen Korallen vergreifen.

Planarien sehen aus wie kleine Nacktschnecken und können sich sehr stark vermehren und die Korallen befallen. Strudelwürmer auf den Korallen sieht man meist erst, wenn sie schon Schäden verursacht haben. Die Koralle kurz in Süßwasser baden (nicht mit allen Korallen möglich!) oder ein Jodbad herrichten (2 ml Betaisodona/Liter). Lippfische helfen dann, die Plagegeister in Schach zu halten.

Die Kammhaut ist eigentlich eine harmlose Bakterienansammlung an der Wasseroberfläche, die ein bisschen wie ein Ölfilm aussieht. Eine sehr dicke Kammhaut kann den Lichteinfall ins Aquarium behindern. Auch optisch ist sie nicht schön. Normalerweise wird sie beim Meerwasseraquarium durch den Überlaufkamm ins Filterbecken gezogen und durch die Filterwatte aufgefangen. Reicht dies nicht aus, gibt es motorbetriebene Oberflächenabzüge.